XV. vedecká konferencia doktorandov - Sekcia základného a aplikovaného výskumu

Abstrakt práce

Prognostická a prediktívna hodnota E-kadherínu a Ki-67 v porovnaní so štandardným histopatologickým vyšetrením pri povrchových nádoroch močového mechúra

MUDr. Štefan Harsányi

Školiteľ: doc. RNDr. Ľuboš Danišovič, PhD.

Pracovisko: Ústav lekárskej biológie, genetiky a klinickej genetiky LF UK a UN v Bratislave

Abstrakt: Nádory močového mechúra sú častým zhubným ochorením s celosvetovo stúpajúcou tendenciou. Charakteristická invazivita a časté recidívy vyžadujú viac diagnostických metód na získanie presnejších informácií. Prognóza je ovplyvnená významnou interpersonálnou variabilitou choroby. Z tohto dôvodu je nevyhnutné neustále hľadať alternatívne a lepšie diagnostické metódy. Cieľom tejto práce bolo analyzovať prognostickú hodnotu hladín expresie vybraných biomarkerov a ich štatistickú významnosť vo vzťahu k prežívaniu a štandardnému histopatologickému vyšetreniu pri povrchových nádoroch močového mechúra. Analyzovali sme nádorové tkanivo pacientov s nádormi močového mechúra Ta a T1. Hladiny expresie E-kadherínu a Ki-67 boli analyzované pomocou imunohistochemického farbenia a kvantifikované na percentuálne hodnoty. Následne boli štatisticky analyzovné vo vzťahu k prežívaniu a distribúcii ich frekvencií v študovanej skupine. Hladiny expresie E-kadherínu a Ki-67 vykazujú vysokú asociáciu so stage a grade nádorov (p <0,001), avšak, asociácia s recidívou sa ukázala ako štatisticky nevýznamná. Pacienti s neaberantnými hladinami expresie biomarkerov majú oveľa vyššiu mieru prežívania ako pacienti s aberantnou expresiou.

Abstrakt práce

Kvantifikácia výsledkov imunohistochemického vyšetrenia dezmínu v srdcovom svale

MUDr. Ján Šikuta

Školiteľ: doc. MUDr. Jozef Šidlo, CSc., MPH

Pracovisko: Ústav súdneho lekárstva LF UK, Bratislava a Súdnolekárske pracovisko ÚDZS, Bratislava

Abstrakt: Úvod. Diagnostika náhlych úmrtí z kardiovaskulárnych príčin tvorí súčasť každodennej súdnolekárskej praxe. Stanovenie diagnózy nie je problémom pokiaľ pri pitve zistíme už makroskopicky jednoznačné morfologické nálezy. V rámci diagnostiky skorých ischemických zmien v srdcovom svale je možné použiť dôkaz protilátok proti štrukturálnym proteínom (napr. dezmín, myoglobín a ďalšie), alebo proti markerom nekrózy (ako napr. fibronektín, C5b-9(m)) v tkanivách srdca imunohistochemickými metódami. Cieľom práce je zistiť možnosti využitia imunohistochemickej reakcie protilátok proti dezmínu vo vzorkách srdcového svalu a prostredníctvom kvantifikácie jej rozsahu - Colour Proportionate Area (CPA) zistiť závažnosťou ischemického poškodenia myokardu. Pacienti a metódy. Do štúdie bolo zaradených 88 prípadov úmrtí pitvaných na Súdnolekárskom pracovisku Úradu pre dohľad nad zdravotnou starostlivosťou v Bratislave v období rokov 2012 až 2017. Sledovaný súbor tvorilo 73 prípadov, 15 prípadov, s inou príčinou smrti, bolo zaradených do referenčného súboru. Vzorky srdcového svalu odobraté pri pitve boli spracované príslušnými metódami a vyšetrené imunohistochemicky na vizualizáciu dezmínu. Metódou optickej mikroskopie boli vyšetrené aj preparáty ofarbené hematoxylínom eozínom. Výsledky. Z predbežných výsledkov prípadov zo sledovaného súboru (6) bolo CPA v priemere 12,36%, so smerodajnou odchýlkou 7,86 a prípadov z referenčného súboru (9) bolo CPA 11,6%, so smerodajnou odchýlkou 4,17. Vyšetrenie väčšieho počtu prípadov pravdepodobne ozrejmí možné súvislosti pri výskyte včasných ischemických zmien v prípadoch rôznych príčin úmrtí. Záver. Pre potreby jednoznačného stanovenia rozsahu ischemického poškodenia myokardu, je potrebné súbor rozšíriť a pozmeniť metodiku výpočtu CPA zo skenovaných preparátov a definíciu „indexu ischemického poškodenia“. Následne, po spracovaní a komplexnom zanalyzovaní všetkých prípadov, bude možné zhodnotiť spoľahlivosť tejto metódy.

Abstrakt práce

Funkčná a molekulárna charakterizácia mezenchýmových stromálnych buniek izolovaných z tukového tkaniva zdravých donorov a pacientov s karcinómom prsníka

Mgr. Jana Plavá

Školiteľ: RNDr. Miroslava Matúšková, PhD.

Pracovisko: Ústav experimentálnej onkológie BMC SAV

Abstrakt: Nádor je komplexné tkanivo tvorené heterogénnou zmesou buniek rôznej veľkosti, morfológie, či funkcie. Okrem samotných nádorových buniek sem patria aj nemalígne bunky, tzv. bunky nádorového mikroprostredia. Toto nádorové mikroprostredie má svoje špecifiká, kde jednotlivé komponenty spolu komunikujú prostredníctvom rôznych molekúl (cytokíny, chemokíny, rastové faktory, enzýmy) a bunkových produktov (extracelulárna matrix a proteíny rôzneho pôvodu i funkcie). V prípade karcinómu prsníka tvorí dôležitú zložku nádorového mikroprostredia tukové tkanivo, ktoré je okrem iného bohatým zdrojom mezenchýmových stromálnych buniek (z ang. mesenchymal stromal cells - MSC). Tie sú do nádoru privolávané z okolitého tukového tkaniva vplyvom rôznych nádorových stimulov. V našej práci sa venujeme funkčným a morfologickým charakteristikám týchto buniek. Pracujeme s tukovým tkanivom zo štyroch rôznych zdrojov, z ktorých následne izolujeme MSC: tkanivo od zdravých žien po mamoplastike (kontrola – „zdravé MSC“; MSC-H) a od troch skupín pacientok s karcinómom prsníka: MSC z tukového tkaniva z okolia premalígnej lézie (MSC-DCIS), malígnej lézie (MSC-CA) a od BRCA pozitívnych pacientok (MSC-BRCA). Výsledky našej práce poukazujú na viaceré zmeny (zmenený expresný a sekrečný profil, zvýšená tumorigenicita in vivo...) v MSC súvisiace s prítomnosťou nádoru v priľahlom tukovom tkanive. Pochopenie funkčných vlastností a rozdielov medzi zdravými a s nádorom asociovanými bunkami môže predstavovať významný pokrok vo vývoji nových liečebných postupov či prevencii zameranej na nádorové mikroprostredie.

Abstrakt práce

TBARS - marker peroxidácie lipidov predikuje prežívanie u pacientov s metastatickými urotelovými karcinómami

MUDr. Ján Slopovský

Školiteľ: JUDr., MUDr. Patrik Palacka, Phd., MPH, MBA, LL.M

Pracovisko: Národný onkologický ústav

Abstrakt: Úvod:TBARS - marker peroxidácie lipidov je zvýšený pri rôznych patologických stavoch. Cieľom tejto prospektívnej štúdie bolo zistiť prediktívnu a prognostickú hodnoty TBARS u pacientov s metastatickými urotelovými karcinómami (MUC), pred zahájením I. línie chemoterapie. Metódy: Od mája 2010 do apríla 2014 bolo celkovo 72 MUC pacientov zaradených do tejto štúdie, z toho 57 pacientov boli muži. Celkovo bolo 58 bolo prípadov karcinómu močového mechúra. ECOG ≥ 2 malo 11 pacientov, viscerálne metastázy boli prítomné u 34 pacientov. Na základe priemeru TBARS 6,06 μmol /l boli pacienti rozdelení do skupiny s nízkym rizikom a s vysokým rizikom. Následne bola vykonaná analýza prežívania Kaplan-Meierovou metódou a výsledky boli vyhodnotené log-rank testom. Výsledky: Pri mediáne sledovania 9,58 mesiaca, progresia nastala u 65 pacientov a úmrtie u 64 pacientov. Pacienti s nízkym TBARS mali signifikantne lepšie OS aj PFS oproti pacientom s vysokými TBARS (HR 0,44, 95% CI 0,27 až 0,74; P = 0,0009 pre OS a HR 0,51; 95% CI 0,31 až 0,84; P = 0,006 pre PFS). Pacienti s ECOG <2 mali výrazne lepšie OS a PFS v porovnaní s pacientmi s ECOG ≥ 2. Záver: Vysoké hladiny TBARS v plazme u pacientov s MUC pred zahájením chemoterapie boli spojené s kratším prežívaním. Preto by sa tento biomarker mohol použiť na identifikácia pacientov so zlou prognózou, čo by mohlo viesť k lepšej stratifikácii pacientov a rozhodovaní sa o liečbe. Štúdia bola podporená VEGA 1/0614/12 OncoReSearch.

Abstrakt práce

Úmrtia pri športe z pohľadu súdneho lekárstva

MUDr. Michal Kováč

Školiteľ: doc. MUDr. Jozef Šidlo, CSc., MPH

Pracovisko: ÚDZS, Súdne lekárstvo a patologická anatómia, Banská Bystrica

Abstrakt: V článku sú prezentované prípady úmrtí pri športových aktivitách. Súbor prípadov bol vybraný zo skupiny úmrtí z lokality stredného Slovenska. Sumarizujeme dostupné anamnestické údaje so zreteľnom na možné varovné signály, ev. dispenzarizáciu u špecialistu a však vo veľkej miere ide o náhle úmrtia. Aktuálne sú v predkladanom článku spracované štyri úmrtia, u ktorých bola vykonaná pitva. Pitvou boli zistené chorobné zmeny, ktoré v plnej miere vysvetlili príčinu smrti. V uvedených prípadoch boli realizované toxikologické vyšetrenia, za účelom vylúčenia možnej súvzťažnosti s užívaním podporných látok. Doposiaľ možno skonštatovať, že vo veľkej miere sa na úmrtí pri športovej aktivite podieľajú ochorenia kardiovaskulárneho systému a nepoznané vrodené vývojové vady.

Abstrakt práce

Úloha pohlavných hormónov pri infekcii močových ciest

MVDr. Alena Potočárová

Školiteľ: prof. MUDr. Peter Boor, PhD.

Pracovisko: Ústav molekulárnej biomedicíny, Lekárska fakulta Univerzita Komenského Bratislava

Abstrakt: Infekcia močových ciest (IMC) sa častejšie vyskytuje u žien ako u mužov. U mužov je ale táto infekcia častejšie sprevádzaná komplikáciami a má častejšie chronický priebeh. Na základe týchto údajov sa predpokladá vplyv pohlavných hormónov na imunitnú odpoveď v prípade IMC. Presný mechanizmus, je žiaľ ešte málo preskúmaný. Našim cieľom bolo preto objasniť vplyv pohlavných hormónov na priebeh IMC v animálnom modeli. Použité boli ročné myši, ktoré boli rozdelené do 4 skupín podľa pohlavia a intervencie: intaktné samice; samice, ktoré podstúpili ovariektómiu; intaktné samce; a samce, ktoré podstúpili orchiektómiu. Mini-invazívnou chirurgickou aplikáciou uropatogénnych baktérií E. coli bola indukovaná IMC. Po 24 hodinách od navodenia infekcie bol experiment ukončený a zvieratám bol odobraný močový mechúr, obličky a krv. V močovom mechúre a obličke bola kultiváciou stanovená koncentrácia baktérií v jednotlivých orgánoch. V plazme boli zmerané koncentrácie zápalových cytokínov a testosterónu. Orchiektomované samce mali nižšiu koncentráciu testosterónu a menšie množstvo baktérií v močovom mechúre aj v obličkách v porovnaní s intaktnými samcami. Naopak, ovariektomované samice mali vyššiu koncentráciu testosterónu a váčší počet baktérií v močovom mechúre aj obličkách v porovnaní s intaktnými samicami. Koncentrácia IL-10 v plazme orchiektomovaných samcov bola nižšia v porovnaní s intaktnými samcami, zatiaľ čo u ovariektomovaných samíc bola koncentrácia vyššia v porovnaní s intaktnými samicami. Výsledky experimentu potvrdili, že vyššie koncentrácie testosterónu zhoršujú priebeh IMC. Zároveň protizápalový cytokín IL-10 mal vyššiu koncentráciu v skupinách s vyššou koncentráciou testosterónu, preto je možné predpokladať vplyv testosterónu na imunitnú signalizačnú kaskádu IL 10, ktorá vedie k slabšej imunitnej odpovedi v prípade IMC.

Abstrakt práce

Terminologia Histologica po 12 rokoch: nadbytočné, chýbajúce a diskutabilné termíny z pohľadu cytológie, zoológie a najnovších morfologických poznatkov

MUDr. Martin Klein

Školiteľ: prof. RNDr. Ivan Varga, PhD.

Pracovisko: Ústav histológie a embryológie LF UK

Abstrakt: Jednotná histologická terminológia je dôležitým nástrojom efektívnej komunikácie medzi výskumníkmi aj klinickými pracovníkmi. V našej práci sme analyzovali prvé vydanie oficiálnej histologickej nomenklatúry Terminologia Histologica. Identifikovali sme nadbytočné, chýbajúce a diskutabilné termíny z pohľadu cytológie, zoológie a najnovších morfologických poznatkov. Výsledky sme následne spracovali vo forme odporúčaní pre pracovnú skupinu Medzinárodného federatívneho programu pre anatomické názvoslovie (FIPAT), ktorá pripravuje druhé vydanie Terminologia Histologica. Okrem chýbajúcich pojmov ultraštruktúrneho opisu buniek sme identifikovali aj celé bunkové populácie, dokonca unikátne typy tkanív a tkanivových štruktúr, ktoré neboli do prvého vydania z rôznych dôvodov zahrnuté. Zjednotenie a široké etablovanie histologickej nomenklatúry do výskumnej aj klinickej praxe má zásadný význam, pretože kompletná a jednotná terminológia predstavuje základný "jazyk", bez ktorého nie je možná efektívna odborná komunikácia.

Abstrakt práce

The non-classical HLA molecule HLA-G has role in the pathogenesis of gliomas

MUDr. Kristína Klučková

Školiteľ: doc. MUDr. Mária Bucová, PhD.

Pracovisko: Imunologický ústav

Abstrakt: Background: Gliomas are brain tumors that have the third highest mortality and morbidity rates among cancers in human population. The markers of survival prognosis in patients with gliomas are still evaluated. One of the potential biomarkers of diagnosis and prognosis in malignancies is Human leukocyte antigen G (HLA-G). The HLA-G is a non-classical HLA-class I molecule and is involved in the suppression of immune response. The aim of the study was to analyze the association between 16 polymorphic variants in HLA-G 5′URR region, sHLA-G level, and clinical variables in patients with gliomas. The study involved 59 patients with gliomas and 131 healthy volunteers. Results: All patients with gliomas had significantly higher values of sHLA-G than healthy controls. Soluble HLA-G correlated negatively with overall survival in whole group of patients. In glioblastoma group we observed significant difference in overall survival when we compared patients with sHLA-G above and below cut off 40 U/ml. The haploblock consisting of -762T, -716G, -689G, -666T and -633A allele was significantly more frequent in patients with gliomas than in the controls. Also the minor alleles of the -486A/C and -201G/A were significantly more frequent in patients with gliomas. In patients with grade IV gliomas we observed that haploblock of -762CT, -716TG, -689AG, - 666GT, -633GA, -486AC, -477GC, -201GA following by -369AC carriers tend to have lower age at onset as compared to other genotype carriers. Conclusion: This is the first study performing comprehensive association analysis between HLA-G 5' URR polymorphisms and risk of glioma development.

Abstrakt práce

Analýza mutácii mismatch-repair génov asociovaných s Lynchovým syndrómom u pacientov s rakovinou prsníka

Mgr. Lucia Krasničanová

Školiteľ: prof. RNDr. Vanda Repiská, PhD.

Pracovisko: Ústav lekárskej biológie, genetiky a klinickej genetiky LF UK a UN Bratislava

Abstrakt: Lynchov syndróm (LS) je autozomálne dominantné dedičné ochorenie pri ktorom je typicky pozorovaná mutácia v niektorom z mismatch-repair (MMR) génov. Približne 10% mutácií je na génoch MSH6 a PMS2, ktoré sú podľa štúdie od Roberts et al. z roku 2018 asociované s rizikom vzniku rakoviny prsníka. V našej práci sme sa preto zamerali na analýzu vzoriek pacientov s rakovinou prsníka pre účely detekcie mutácií v MMR génoch, aby sme poukázali na frekvenciu výskytu mutácii v MMR génoch u náhodne vybraných pacientov s nádorovým ochorením prsníka a upozornili na potrebu testovania takýchto pacientov pre účely terapie ako aj prevencie vzniku ďalších Lynch asociovaných nádorových ochorení u týchto pacientov ako aj ich rodinných príslušníkov, vzhľadom na fakt, že sa jedná o hereditárne ochorenie.

Abstrakt práce

Optimalizácia postupu bioinformatického spracovania sekvenačných dát pre spoľahlivejšie neinvazívne prenatálne testovanie na prítomnosť chromozómových porúch

Mgr. Rami Saade

Školiteľ: prof. RNDr. Vanda Repiská, PhD.

Pracovisko: Ústav lekárskej biológie, genetiky a klinickej genetiky LF UK a UN Bratislava

Abstrakt: V súčasnosti preukázateľne najšpecifickejšou a najsenzitívnejšou metódou na prenatálny skríning aneuploídií je neinvazívne prenatálne testovanie založené na masívnom paralelnom sekvenovaní fragmentov cirkulujúcej voľnej fetálnej DNA izolovanej z krvnej plazmy tehotnej ženy. V rámci našej práce sa zameriavame na optimalizáciu analytických postupov pri spracovaní sekvenačných dát, ktorých špecifikom je nízke pokrytie genómu (cca 0,1x). Pracovali sme so 100 vzorkami, z ktorých 90 pochádzalo zo zdravých tehotenstiev a 10 z trizomických. V každom kroku optimalizácie sme navzájom porovnávali výsledky získané kombináciou mapovacích algoritmov Bowtie2, BWA a SOAP2 s referenčnými genómami hg19 a GRCh38. Na výpočet z-skóre sme navrhli alternatívnu metódu, ktorej úspešnosť a potenciálne využitie sme preukázali porovnaním s metódami z aktuálnej odbornej literatúry a klinickej praxe. Podarilo sa nám optimalizovať parametre filtrovania na základe kvality mapovania, ako aj na základe in silico selekcie dĺžky fragmentov. Na základe otestovania nastavení jednotlivých parametrov v použitých bioinformatických nástrojoch sme dospeli k optimálnej kombinácii, ktorú predstavoval mapovací algoritmus BWA s referenčným genómom hg19, s metódou výpočtu z-skóre navrhnutou nami a s parametrami filtrácie s minimálnou kvalitou mapovania Phred=40 a so selektovanou veľkosťou fragmentov 1-165 bp. Použitím daných nastavení sme dosiahli najväčší rozdiel medzi z-skóre trizomických a zdravých vzoriek v porovnaní s trénovacími, čo predstavuje zdokonalený postup zvyšujúci senzitivitu, ako aj špecificitu tohto typu prenatálneho skríningu.

Abstrakt práce

Moč- biologický odpad s liečivými vlastnosťami

MUDr. Martina Čulenová

Školiteľ: doc. RNDr. Ľuboš Danišovič, PhD.

Pracovisko: Ústav lekárskej biológie, genetiky a klinickej genetiky LF UK a UN Bratislava

Abstrakt: Moč sa vo všeobecnosti považuje za biologický odpad. Avšak pre potreby tkanivového inžinierstva a regeneratívnej medicíny predstavuje ideálnu vzorku, z ktorej sa dá izolovať autológna bunková kultúra. Kmeňové bunky, prítomné v jednotlivých tkanivách a orgánoch ľudského tela, zabezpečujú cyklus výmeny starých buniek za nové, čo podmieňuje ich regeneratívne schopnosti. Ich správnou izoláciou a následnou kultiváciou vo vhodnom prostredí dokážeme získať dostatočne veľkú bunkovú populáciu. Tradičný spôsob získavania kmeňových buniek predstavuje biopsia tkaniva. Táto metóda je dobre adaptovaná, avšak pre pacienta je nevýhodná, nakoľko sa jedná o invazívny zákrok. Preto sa súčasný výskum orientovaný na kmeňové bunky venuje aj hľadaniu takých alternatívnych zdrojov, ktorých odobratie zabezpečí pacientovi čo najväčší komfort a bezpečnosť. Práve objav kmeňových buniek v moči vzbudil obrovský záujem vedcov, nakoľko na ich úspešnú izoláciu stačí malé množstvo moču, ktorý si pacient vie odobrať aj v pohodlí domova. Táto metóda odberu je taktiež veľmi lacná a samotné spracovanie vzorky nevyžaduje špeciálne prístrojové, či materiálne vybavenie. Nakoľko sa zameriavame na tkanivové inžinierstvo urogenitálneho traktu, považujeme močové kmeňové bunky za potenciálny zdroj a preto im venujeme pozornosť v našej štúdii. Zamerali sme sa na proces izolácie buniek, morfologické vlastnosti a expresiu CD markerov.

Abstrakt práce

Transgeneračný vplyv maternálnej konzumácie stravy s obsahom Maillardových produktov na koncentrácie mimobunkovej DNA v cirkulácii u potomkov v modeli potkana

Mgr. Lucia Mihalovičová

Školiteľ: doc. MUDr. Katarína Šebeková, DrSc.

Pracovisko: Ústav molekulárnej biomedicíny

Abstrakt: Výživa počas obdobia rastu a vývinu plodu výrazne ovplyvňuje dlhodobé zdravie jedinca. Údaje o negatívnych vplyvoch stravy západného typu sú známe. Táto strava obsahuje aj množstvo koncových produktov pokročilej glykácie – AGEs, ktorých nežiadúce zdravotné účinky pri príjme v dospelosti sú známe, nie je však jasný efekt prenatálnej expozície. Keďže AGEs indukujú obezogénne a diabetogénne odozvy, cieľom tejto práce bolo zistiť vplyv maternálnej konzumácie stravy s obsahom AGEs od odstavu po laktáciu na koncentrácie mimobunkovej DNA (ecDNA) u potomkov, ktorí konzumovali len štandardnú stravu. EcDNA sa uvoľnuje do cirkulácie pri bunkovej smrti a môže vyvolávať zápal. Pri obezite sú zdrojom tejto DNA adipocyty podliehajúce apoptóze. Samice potkanov z kmeňa Wistar sme rozdelili do dvoch skupín. Kontrolná (CTRL: n = 6) skupina konzumovala štandardnú stravu a v experimentálnej skupine (F0/TUS: n = 8) konzumovali samice tepelne upravenú stravu s obsahom AGEs od odstavu po ukončenie laktácie. Potomkovia z F1 generácie konzumovali len štandardnú stravu. Naše výsledky preukázali, že neboli rozdiely v hmotnosti ani v percente tuku u potomkov medzi skupinami. Zistili sme signifikantne vyššie koncentrácie ecDNA v experimentálnej skupine oproti kontrolej u samíc (CTRL: n = 21, F0/TUS: n = 23; p<0,01). U samcov sme rozdiely nepozorovali (CTRL: n = 16, F0/TUS: n = 17; p = ns). Koncentrácie tumor-nekrotizujúceho faktora α sa medzi skupinami nelíšili, avšak sledujeme trend nižších koncentrácií u experimentálnych skupín samcov aj samíc. Zistili sme efekt maternálnej konzumácie tepelne modifikovanej stravy s obsahom AGEs špecificky u samičích potomkov, avšak z tejto predbežnej štúdie zdroje mimobunkovej ecDNA nevieme určiť.